《全学科》卒業者185名　進学11名（5.9％）、就職174名（94.1％）

※卒業後の進路は、2019年度卒業者データ。進学には「その他」の進路選択者も含む

医師国家試験に合格後には、4種類の臨床研修プログラムに応募することができ，大学付属病院またはたすきがけ協力病院で2年間の研修を行うことが可能である。このプログラムは卒後3年目以降の専門医を意識した内容となっており，将来どのようなキャリアにも進めるよう設計されている。臨床医ではなく、解剖学や生理学などの基礎医学や公衆衛生学、法医学などの分野を志す場合には、卒業後すぐに大学院に進学することも想定される。
医学部看護学科では2019年度の卒業生の約76.5％が看護師になり、約18.5％が助産師や保健師になっている。全体の約71.6％が京都府内で就職している。京都府立医科大学の助産師教育は、1889年に京都医学校に附属産婆教習所が設置されて以降約130年の歴史を持つ。